1996年，国家税务总局提出了“转移主体、明确责任、做好服务、强化检查”的企业所得税汇算清缴改革方针。1998年，制定下发了《企业所得税汇算清缴管理办法》，并取得了明显成效。但随着情况的发展变化，该办法的一些内容已经不能适应新形势、新任务的要求，主要存在三个问题：

一是汇算清缴的主体不明确，法律责任难以界定。现行企业所得税暂行条例规定：企业所得税年度纳税申报在年度终了后45日内完成，汇算清缴在年度终了后4个月内完成。在税收征管中，实际上把年度纳税申报和汇算清缴截然分开，造成纳税人自行申报、自核自缴的汇缴新机制始终难以建立，大部分地区的基层税务机关仍然在汇算清缴中承担着“纳税人保姆”的职责，致使汇缴主体不明确，难以明确界定纳税人和税务机关在汇缴中的法律责任。

二是年度纳税申报期限较短，申报质量难以保证。企业所得税暂行条例规定，纳税人应当在年度终了后45日内，向税务机关报送所得税申报表和会计决算报表。但在2月15日前，企业部分相关财务事项可能尚未完结，有的财务报表尚未完成，加之年终岁末事务多，难以进行准确申报，企业所得税年度纳税申报质量很难得到保证。同时，企业所得税减免和有关税前扣除等事项一般都在年度终了一定期间才能办结，往往审核、审批时间的滞后也影响年度纳税申报。因此，在税收征管中，纳税人在纳税申报时可能出现未批先扣、申报不实、被动偷税的现象；税务机关由于纳税申报时限临近，容易出现审核不严、流于形式，加大了执法风险。

另外，在年度终了后45日内申报的规定，对汇总纳税及其成员企业的申报，有相当大的难度。由于汇总纳税企业层级过多，且核算复杂，规定其总机构在年度终了45日内申报所得税是无法做到的，而各层级分支机构的汇总报送时限也没有做具体明确。在税收征管中，各地税务机关关于申报时限有各自的规定，由于不同层级之间的申报时限要求不同，造成了征纳双方的矛盾。

三是汇算清缴程序不规范，汇缴检查流于形式。现行《企业所得税汇算清缴管理办法》规定，申报期结束后，税务机关应组织企业所得税汇算检查，但此时纳税人汇算清缴还未结束，即使检查出问题也不能对纳税人进行相应处罚。另外，总局曾规定汇算清缴检查面不得低于40%，并要求各地上报检查情况，而面对每年迅速增长的户管和相对数量少的检查人员来讲，矛盾则更加突出，使汇算检查达不到应有的效果，流于形式。

为进一步改进和完善企业所得税汇算清缴工作，国家税务总局在广泛征求基层税务机关和广大纳税人意见的基础上，对《企业所得税汇算清缴管理办法》进行了修改完善，出台了新办法。