修订《企业所得税汇算清缴管理办法》的指导思想是：“明确主体、规范程序、优化服务、提高质量”。

明确主体，就是要准确定位税务机关和纳税人在汇算清缴中的角色，各自承担相应的责任和义务，即：纳税人是所得税汇算清缴的主体，应对全年应纳的所得税进行自核自缴；税务机关是汇算清缴的组织、管理和服务者，应研究规范所得税汇算清缴的基本程序和要求，对纳税人汇算清缴进行政策解释和程序辅导，对纳税人自核自缴结果进行审核和评估。

规范程序，就是要统一和规范征纳双方各自在汇算清缴中的业务流程和工作步骤，完善汇算清缴文书，完备汇算清缴手续，保证汇算清缴工作严密、有序地进行。

优化服务，就是要求税务机关在汇算清缴期内切实履行职责，改进服务方式，建立快捷、有效的纳税服务体系，积极主动地开展各项所得税政策宣传、辅导，以优质服务促使纳税人汇算清缴质量的提高。

提高质量，就是要通过评估、检查等手段，提高纳税人汇算清缴的真实性、准确性。这是完善汇缴的落脚点，核心问题是提高纳税人自行申报的质量。